"La soledad de los números primos" cuenta la historia de Alice y Mattia, dos jóvenes marginales.
Por un lado está Alice con su pierna artificial desde alquel accidente de esquí y además, su dichosa anorexia.
Luego está Mattia que se esconde tras las ecuaciones y los problemas de física para estar sólo y descargar en su cuerpo todo ese sentimiento de culpabilidad que va con él desde que perdió a su hermana gemela Michela hace años.
Alice intenta encajar en algún grupo pero como Mattia sabe, ambos son como números primos; divisible sólo por un número y por sí mismos.
Mattia y Alice se conocen en una fiesta y desde entonces se forja entre ellos una amistad un tanto extraña, llena de silencios y ausencias.
Pasa el tiempo y aunque no se dan cuenta, ambos empiezan a caminar por separado hasta que por el trabajo de Mattia, acaban alejándose completamente. Pero años después, sucede algo que les une de nuevo.